Ο Πτηνολογικός διεκπεραιώνει έργα για τη βελτίωση του καθεστώτος διατήρησης για συγκεκριμένα είδη πουλιών και για την προστασία περιοχών στην Κύπρο. Πρόσφατα έργα που έχουν διεκπεραιωθεί με επιτυχία περιλαμβάνουν το έργο LIFE για την αποκατάσταση της Λίμνης Ορόκλινης και το έργο ΓΥΠΑΣ για την ανάκαμψη του εξαιρετικά μειωμένου κυπριακού πληθυσμού του Γύπα, το οποίο διενεργήθηκε στα πλαίσια του προγράμματος Διασυνοριακής Συνεργασίας Ελλάδα - Κύπρος 2007-2013. Ένα άλλο έργο αφορά την αποκατάσταση του Λιβαδιού Ακρωτηρίου, το οποίο χρηματοδοτείται από το Darwin Plus.