Η προτεινόμενη επέκταση του λιμανιού στο Λατσί παρουσιάζεται ως αναβάθμιση μιας υφιστάμενης υποδομής. Στην πράξη όμως αυτή η αναβάθμιση σχεδόν θα διπλασιάσει τη χωρητικότητα σε σκάφη (από 200 σε 384 σκάφη  αναψυχής), γεγονός που καταδεικνύει τη μεγάλη κλίμακα αυτού του προτεινόμενου έργου, σε μία από τις σημαντικότερες και πιο ευαίσθητες παράκτιες περιοχές της Κύπρου. 

Ο Κόλπος Χρυσοχούς περιβάλλεται από προστατευόμενες περιοχές Natura 2000 και είναι σημαντικός για θαλάσσιες χελώνες, τη Μεσογειακή φώκια, θαλασσοπούλια και πολύτιμους θαλάσσιους οικοτόπους, όπως τα λιβάδια Ποσειδωνίας. Τα είδη αυτά δεν περιορίζονται μέσα σε γραμμές-όρια πάνω σε έναν χάρτη. Κινούνται, τρέφονται, ξεκουράζονται και αναπαράγονται σε ολόκληρο τον κόλπο, ο οποίος λειτουργεί ως ένα ενιαίο θαλάσσιο οικοσύστημα. Επιπρόσθετα, νέα δεδομένα παρακολούθησης από το έργο LIFE IP Πανδώτειρα δείχνουν πόσο σημαντική είναι η ακτογραμμή του Ακάμα και του Κόλπου Χρυσοχούς για τον Θαλασσοκόρακα (Gulosus aristotelis desmarestii). Οι κινήσεις του είδους δείχνουν συστηματική χρήση της παράκτιας ζώνης για τροφοληψία και ξεκούραση, ενώ ιδιαίτερα τα νεαρά άτομα επισκέπτονται συχνά ακόμη και την περιοχή γύρω από το λιμάνι του Λατσιού. 

Την ίδια ώρα, το νέο έργο θα φέρει πολύ περισσότερα σκάφη στην περιοχή, διπλασιάζοντας συνολικά των αριθμών των σκαφών στο λιμάνι. Αυτό σημαίνει περισσότερη όχληση, θόρυβο, φωτισμό, θαλάσσια ρύπανση και ανθρώπινη παρουσία σε χώρους τροφοληψίας, ξεκούρασης και αναπαραγωγής. Η ίδια η περιβαλλοντική αξιολόγηση αναγνωρίζει ότι η αύξηση των σκαφών συνεπάγεται περισσότερες πιέσεις για την πανίδα, ενώ προβλέπονται επίσης απώλειες και υποβάθμιση λιβαδιών Ποσειδωνίας, που είναι ζωτικής σημασίας για την επιβίωση και διατήρηση των θαλάσσιων ειδών.  

Η ακτογραμμή αυτή έχει ήδη δεχθεί σοβαρές παρεμβάσεις, με τους 14 κυματοθραύστες ανατολικά του λιμανιού να έχουν ήδη προκαλέσει σημαντική διάβρωση γειτονικών παραλιών, σύμφωνα με εμπειρογνώμονες. Πρόσφατη επιστημονική μελέτη κατέγραψε μάλιστα αισθητή μείωση της φωλεοποίησης θαλάσσιων χελωνών (από 3,6% σε 0,9%) στην παραλία πίσω από τους κυματοθραύστες. Οι επιπτώσεις αυτές δείχνουν γιατί οι νέες παρεμβάσεις πρέπει να εξετάζονται σωρευτικά και σε επίπεδο ολόκληρου του κόλπου. 

Οι καταγραφές αυτές έχουν ιδιαίτερη σημασία, καθώς η Κύπρος έχει υποχρέωση να αναγνωρίζει και να προστατεύει τις σημαντικές θαλάσσιες και παράκτιες περιοχές για τα θαλασσοπούλια, ένα σημαντικό κενό που η Ευρωπαϊκή Επιτροπή έχει εγείρει προς την Κυπριακή Κυβέρνηση ότι πρέπει να επιλύσει με τον καθορισμό θαλάσσιων προστατευόμενων περιοχών για τα θαλασσοπούλια.  

Οι επιπτώσεις σε ένα ενιαίο θαλάσσιο οικοσύστημα δεν περιορίζονται στα όρια του χώρου ανάπτυξης ενός έργου, ειδικά όταν πρόκειται για ένα έργο τέτοιας κλίμακας. Με βάση την αρχή της προφύλαξης, όπως αυτή απορρέει από το άρθρο 6(3) της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ για τους Οικοτόπους, ένα τέτοιο έργο δεν πρέπει να εγκριθεί εφόσον δεν μπορεί να αποκλειστεί πέραν κάθε εύλογης επιστημονικής αμφιβολίας το ενδεχόμενο αρνητικών επιπτώσεων στα προστατευτέα αντικείμενα και τους στόχους διατήρησης των εν λόγω περιοχών του Δικτύου Natura 2000, συμπεριλαμβανομένου του Θαλασσοκόρακα, για τον οποίο νέα δεδομένα καταδεικνύουν τη σημασία της περιοχής.