Η συζήτηση γύρω από τα κουνούπια είναι ιδιαίτερα έντονη σε περιοχές κοντά σε υγροτόπους, όπως οι Αλυκές της Λάρνακας και του Ακρωτηρίου και οι Λίμνες Παραλιμνίου και Ορόκλινης. Ως ένα βαθμό, δικαίως. Διότι η ενόχληση που προκαλούν τα κουνούπια στον άνθρωπο είναι αναμφισβήτητη. Είναι επίσης γεγονός, όμως, ότι το να ζει κανείς κοντά σε υγρότοπο (και δη, σε προστατευόμενο υγρότοπο) σημαίνει ότι πρέπει να βρεθεί ένας τρόπος συνύπαρξης με τα κουνούπια και άλλα έντομα. Είναι σημαντικό επίσης να γνωρίζουμε ότι στις πλείστες περιπτώσεις το πρόβλημα έγκειται στις ανθρώπινες δραστηριότητες, όπως π.χ. την απόρριψη απορριμμάτων, όμβριων υδάτων και αστικών λυμάτων, και όχι στον υγρότοπο, όπως είναι πλέον αποδεδειγμένο από πρόσφατες σχετικές μελέτες που εκπονήθηκαν.

Ένας επίσης σημαντικός παράγοντας είναι ο κακός σχεδιασμός της οικιστικής ανάπτυξης στην Κύπρο, και όχι η ύπαρξη (ή καλύτερα η προΰπαρξη) του υγροτόπου. Αυτό είναι ιδιαίτερα εμφανές στις νέες αναπτύξεις, όπως η περίπτωση βόρεια του Ακρωτηρίου, όπου ένα αγροτικό τοπίο πλησίον ενός υγροτόπου μετατρέπεται με γοργούς ρυθμούς τα τελευταία χρόνια σε οικιστικό και παραθεριστικό, χωρίς να ληφθεί σοβαρά υπόψη το θέμα των κουνουπιών. Είναι επόμενο ότι θα ακολουθήσουν παράπονα για τα κουνούπια, αφού η μέχρι πρόσφατα αγροτική περιοχή θα προσελκύσει ξαφνικά χιλιάδες κατοίκους και επισκέπτες. Είναι επίσης προβλέψιμο ότι ο υγρότοπος θα δεχτεί πιέσεις για διαχείριση του προβλήματος. Δεν είναι λίγες φορές που ακουστήκαν απόψεις στην Κύπρο μέχρι και για αποξήρανση των υγροτόπων ως «λύση» στο πρόβλημα των κουνουπιών.

Για αυτό τον λόγο, η Περιβαλλοντική Αρχή εκπόνησε εξειδικευμένες μελέτες για τους τρεις κύριους υγροτόπους στην Κυπριακή Δημοκρατία, την Αλυκή της Λάρνακας και τις Λίμνες Παραλιμνίου και Ορόκλινης. Τα αποτελέσματα των επιστημονικών μελετών περιέχουν πολλές και χρήσιμες πληροφορίες και είναι διαθέσιμα εδώ . Το κύριο πόρισμα των μελετών αυτών είναι ότι η μείωση της ενόχλησης από τα κουνούπια βασίζεται στη διατήρηση και επαναφορά της φυσικότητας των υγροτόπων αυτών.

Αυτό που καταδεικνύουν κατά κύριο λόγο οι μελέτες είναι ότι το υγιές φυσικό περιβάλλον ενός υγροτόπου ευνοεί τις συνθήκες για την ύπαρξη φυσικών θηρευτών των κουνουπιών ή των προνυμφών τους (π.χ. τα πουλιά, τα βατράχια) και επομένως τον έλεγχο του πληθυσμού τους. Αντιθέτως, οι συνθήκες που επικρατούν όταν οι ανθρώπινες διεργασίες ασκούν πίεση ή κάνουν επεμβάσεις στους υγροτόπους ευνοούν τα κουνούπια. 

Δεν είναι τυχαίο λοιπόν που οι εστίες αναπαραγωγής των κουνουπιών βρίσκονται κοντά σε οικοδομήματα και ανθρώπινες δραστηριότητες. Όπως αναφέρουν και οι μελετητές, οι σημαντικές εστίες κουνουπιών βρίσκονται σε περιοχές με υψηλό οργανικό φορτίο, με λίγο νερό, με δύσκολη πρόσβαση για τους θηρευτές, και βρίσκονται συνήθως στη γειτονιά ή ακόμα και στην αυλή μας.

Για παράδειγμα, ο οχετός που εκβάλλει στο κομμάτι της Αλυκής που είναι μέσα στο αεροδρόμιο στη Λάρνακα και η περιοχή του σκοπευτηρίου στη Λίμνη Παραλιμνίου καθώς και η περιοχή μπροστά στον οικισμό στο Παραλίμνι όπου υπάρχουν πολλές εγκαταλελειμμένες πισίνες, αλλά και σημεία βόρεια της Λίμνης Ορόκλινης που δέχονται νερά από απορροές με υψηλά φορτία αζώτου και φωσφόρου λόγω ανθρώπινων δραστηριοτήτων, φαίνεται να είναι κάποιες από τις σημαντικότερες εστίες κουνουπιών σε αυτές τις περιοχές.